Khoảng 200 triệu năm trước khi mà đại lục bắt đầu bị nứt tách cũng là lúc phần phía Đông của Trái đất khi ấy, biển nông mênh mông thuận lợi cho sự thành tạo trầm tích đá vôi mà ở ta gọi là “đá vôi Bắc Sơn”. Đá vôi nhô lên khỏi mặt nước và lớn dần theo thời gian thành các Đảo lớn, nhỏ với muôn hình dạng tại khu vực vịnh Hạ Long và quần đảo Cát Bà như ngày nay.
Nước mưa rơi trên mặt các tầng đá vốn sẵn có vô vàn các khe nứt nên nước mưa theo các khe nứt đó ngấm sâu vào khối đá. Đồng thời, vì đá vôi là loại rất nhạy cảm, dễ dàng chịu tác tác động ăn mòn hòa tan của nước mưa có chứa khí Cacbonic. Nước mưa ăn mòn bề mặt các lớp đá vôi cũng như các khe nứt trong đá rồi tạo ra vô số những dạng địa hình nhỏ với những hình thù kỳ dị gồm những hốc, hố, rãnh … giữa chúng là các gờ sắc được gọi khá hình tượng là “đá tai mèo”.
Một phần nước mưa rơi vào bề mặt đá vôi đã theo vô số các kheo nứt sẵn có trong đá để đi vào khối đá vôi. Khi ấy nước mở rộng dần các khe nứt. Theo thời gian các khe nứt cứ lớn dần để trở thành các khoảng trống ngầm, nước chảy trong đó không theo cơ chế lớp mà là chảy rối trong đá. Khi mà khoảng trống có kích thước đủ lớn để người ta có thể chui vào thì khoảng trống ấy được gọi cái tên chung là “hang động”. Các khe nứt, các khoảng trống nhỏ, các hang động liên thông với nhau tạo nên một hệ thống không gian ngầm trong đá vôi.
Quá trình ăn mòn đá vôi hay gọi chung là “karst hóa” của nước gồm cả nước mưa, nước ngầm, nước mặt đã làm cho tầng đá vôi ban đầu bị ăn mòn không đều để tạo thành những dạng địa hình nổi cao như các đỉnh, dãy…có hình thù kỳ dị, giữa chúng là những những dạng địa hình trũng hay địa hình âm rất đa dạng như phễu, lũng, giếng sâu, vực thẳm, thung lũng, cánh đồng, đồng bằng…
Thuật ngữ “Karst” – có nguồn gốc từ vùng Balkan. Karst được dùng để phản ánh đặc điểm địa chất vùng Karst thuộc Croatia, gần bờ biển của Biển Adriatic. “Krast” trong tiếng Đức nghĩa là “đá”.
Trên vùng karst vĩ độ thấp, nhất là karst nhiệt đới ẩm thường có lớp phủ thực vật rừng rất dày, sinh khối rất lớn, có tính da dạng sinh học cao đã tồn tại loại cảnh quan đặc biệt, có tên là “karst nhiệt đới ẩm” và tạo nên nên một hệ thống môi trường hết sức đặc biệt, rất riêng, đấy là hệ thống môi trường không gian kép tức có môi trường không gian trên mặt ta có thể quan sát, tiếp cận và môi trường không gian ngầm khó tiếp cận.
Tại Việt Nam, đá vôi (địa hình karst) chiếm gần 20% diện tích lãnh thổ phần đất liền, tức là khoảng 60.000 km2. Đá vôi tập trung hầu hết ở miền Bắc Việt Nam.
Vùng Hạ Long – Cát Bà đã trải qua giai đoạn karst hóa lục địa liên tục trong khoảng thời gian gần 200 triệu năm đã tạo nên cảnh quan karst kiểu cụm lũng - đỉnh với những thung lũng déo dài theo hướng Tây Bắc - Đông Nam, đồng thời cũng tồn tại một số không nhiều cánh đồng karst kích thước không lớn trên đó.
Trong các khối đá vôi có rất nhiều hang động có kích thước, cấu tạo, độ cao khác nhau. Vùng vịnh Hạ Long – Cát Bà thuộc phần rìa Tây vịnh Bắc Bộ đã bị sụt lún với biên độ sụt dần về phía Nam - Đông nam. Đá vôi Hạ Long - Cát Bà chịu tác động đồng thời của hoạt động hòa tan do nước mưa trên mặt và ăn mòn của nước biển.
Biển xâm nhập vào vùng karst lục địa Hạ Long-Cát Bà khoảng 40.000 năm trước, sau đó biển rút, phạm vi khu vực vịnh Hạ Long-Cát Bà bị thu hẹp. Khoảng 2000 năm trước biển lần nữa lại dâng cao, vịnh lại dược mở rộng, sau đó biển lại rút dần và hiện nay biển có xu thế nâng cao để tiến đến phạm vi phân bố và hình dạng như hiện nay.
Nước biển ăn mòn đá vôi khá mạnh khiến cho trên hầu hầu hết các vách đá vôi tiếp xúc với nước biển đều có các ngấn ăn mòn, các “hàm ếch”, các ngàm… rất phổ biển tại chân các đảo trên vịnh, hoặc khi nhìn các hòn như: Gà Chọi, hòn Nến… bị nước biển ăn mòn gần hết chân. Ngoài ra nước biển còn hủy hoại các hang động cổ nếu như một khi chúng bị nước biển tràn vào. Mực nước biển dao động không ngừng trong nhiều thời kỳ lên trên các vách đá có thể nhìn thấy nhiều mức ngấn nước biển cổ ở những độ cao khác nhau.
Trong các hang, động tại vùng vịnh Hạ Long-Cát Bà, rất dễ nhìn thấy các Chuông đá do nước mưa có canxit hòa tan chảy theo các khe nứt xuống tới trần hang thường chảy theo kiểu nhỏ giọt. Một số giọt nước treo trên trần hang, qua thời gian, lượng canxit ngày nhiều thêm, hình thành khối canxit treo lơ lửng trên trần hang gọi Chuông đá. Chuông đá có thể có kích thước lớn, chiều dài tới mấy mét. Nếu cắt ngang chuông đá sẽ thấy cấu trúc phân lớp đồng tâm (giống thân cây gỗ). Điều đó chứng tỏ các Chuông đá được tăng kích thước bằng cách tích tụ dần từng lớp. Trong một số trường hợp chuông đá có cấu tạo hình ống, ở giữa rỗng. Măng đá cũng có cấu tạo giống chuông đá nhưng mọc cao dần lên từ đáy hang. Các măng đá đều nằm trên cùng đường thẳng đứng với chuông đá tương ứng do chúng được thành tạo bằng canxit kết tủa từ những giọt nước rơi từ chuông đá xuống. Cột đá hình thành khi Chông đá và Măng đá phát triển kết nối lại với nhau./.